- InnoDB支持事物，外键等高级的数据库功能，MyISAM不支持。需要注意的是，InnDB行级锁也不是绝对的，例如mysql执行一个未定范围的sql时，也还是会锁表，例如sql中like的使用
- 效率，明显MyISAM在插入数据的表现是InnoDB所远远不及的，在删改查，随着InnoDB的优化，差距渐渐变小
- 行数查询，InnoDB不保存行数，也就是select的时候，要扫描全表，MyISAM只需读取保存的行数即可，这也是MyISAM查询速度快的一个因素。
- 锁的支持。**MyISAM只支持表锁。InnoDB支持表锁、行锁 行锁大幅度提高了多用户并发操作的新能。但是InnoDB的行锁，只是在WHERE的主键是有效的，非主键的WHERE都会锁全表的
索引，InnoDB会自动创建Auto_Increment类型字段的索引，一般习惯应用于主键，即主键索引（只包含该字段），而MyISAM可以和其他字段创建联合索引。除此之外，MyISAM还支持全文索引（FULLTEXT_INDEX），压缩索引,InnoDB不支持(5.7以后的InnoDB支持全文索引了)
备注：MyISAM的索引和数据是分开的，并且索引是有压缩的，内存使用率就对应提高了不少。能加载更多索引，而Innodb是索引和数据是紧密捆绑的，没有使用压缩从而会造成Innodb比MyISAM体积庞大不小。InnoDB存储引擎被完全与MySQL服务器整合，InnoDB存储引擎为在主内存中缓存数据和索引而维持它自己的缓冲池。InnoDB存储它的表＆索引在一个表空间中，表空间可以包含数个文件（或原始磁盘分区）。这与MyISAM表不同，比如在MyISAM表中每个表被存在分离的文件中。InnoDB 表可以是任何尺寸，即使在文件尺寸被限制为2GB的操作系统上。
服务器数据备份。InnoDB必须导出SQL来备份，LOAD TABLE FROM MASTER操作对InnoDB是不起作用的，(解决方法是首先把InnoDB表改成MyISAM表，导入数据后再改成InnoDB表，但是对于使用的额外的InnoDB特性(例如外键)的表不适用。)
备注：而且MyISAM应对错误编码导致的数据恢复速度快。MyISAM的数据是以文件的形式存储，所以在跨平台的数据转移中会很方便。在备份和恢复时可单独针对某个表进行操作。InnoDB是拷贝数据文件、备份 binlog，或者用 mysqldump，支持灾难恢复（仅需几分钟），MyISAM不支持，遇到数据崩溃，基本上很难恢复，所以要经常进行数据备份。
MyISAM索引结构
- MyISAM索引用的B+ tree来储存数据，MyISAM索引的指针指向的是键值的地址，地址存储的是数据。B+Tree的数据域存储的内容为实际数据的地址，也就是说它的索引和实际的数据是分开的，只不过是用索引指向了实际的数据，这种索引就是所谓的(非聚集索引)
- 因此，过程为： MyISAM中索引检索的算法为首先按照B+Tree搜索算法搜索索引，如果指定的Key存在，则取出其data域的值，然后以data域的值为地址，根据data域的值去读取相应数据记录。
InnoDB索引结构
- 用的也是B+Treee索引结构。Innodb的索引文件本身就是数据文件，即B+Tree的数据域存储的就是实际的数据，这种索引就是(聚集索引)。这个索引的key就是数据表的主键，因此InnoDB表数据文件本身就是主索引。
- InnoDB的辅助索引数据域存储的也是相应记录主键的值而不是地址，所以当以辅助索引查找时，会先根据辅助索引找到主键，再根据主键索引找到实际的数据。所以Innodb不建议使用过长的主键，否则会使辅助索引变得过大。
- 与MyISAM索引的不同是InnoDB的辅助索引data域存储相应记录主键的值而不是地址。换句话说，InnoDB的所有辅助索引都引用主键作为data域。
- 叶节点包含了完整的数据记录。这种索引叫做聚集索引。因为InnoDB的数据文件本身要按主键聚集，所以InnoDB要求表必须有主键（MyISAM可以没有），如果没有显式指定，则MySQL系统会自动选择一个可以唯一标识数据记录的列作为主键，如果不存在这种列，则MySQL自动为InnoDB表生成一个隐含字段作为主键，这个字段长度为6个字节，类型为长整形。
建议使用自增的字段作为主键，这样B+Tree的每一个结点都会被顺序的填满，而不会频繁的分裂调整，会有效的提升插入数据的效率。
过程为：将主键组织到一棵B+树中，而行数据就储存在叶子节点上，若使用”where id = 13”这样的条件查找主键，则按照B+树的检索算法即可查找到对应的叶节点，之后获得行数据。若对Name列进行条件搜索，则需要两个步骤：第一步在辅助索引B+树中检索Name，到达其叶子节点获取对应的主键。第二步使用主键在主索引B+树种再执行一次B+树检索操作，最终到达叶子节点即可获取整行数据。
InnoDB为什么推荐使用自增ID作为主键
- 自增ID可以保证每次插入时B+索引是从右边扩展的，可以避免B+树和频繁合并和分裂（对比使用UUID）。如果使用字符串主键和随机主键，会使得数据随机插入，效率比较差。
innodb引擎的4大特性
- 插入缓冲（insert buffer),二次写(double write),自适应哈希索引(ahi),预读(read ahead)
如何选择?
- 是否要支持事务，如果要请选择innodb，如果不需要可以考虑MyISAM；
- 如果表中绝大多数都只是读查询，可以考虑MyISAM，如果既有读也有写，请使用InnoDB。
- 系统奔溃后，MyISAM恢复起来更困难，能否接受；
- MySQL5.5版本开始Innodb已经成为Mysql的默认引擎(之前是MyISAM)，说明其优势是有目共睹的，如果你不知道用什么，那就用InnoDB，至少不会差。
为什么使用索引会快?
索引就相当于一本书的目录，通过目录来找书中的某一页，确实是很快的，如果没有目录，就需要一页一页的去翻书了，大大降低了效率
- 当没有可用的索引时只能走全表扫描,即把主键索引上的叶子节点从头到尾都扫描一遍，然后每扫描到一行把字段 x 的值拿出来再比对一下，筛选出满足条件的记录，这个查询是非常低效的。
- 当有可以使用索引 x 时,该查询会先到二级索引 x 这个 B+ 树上，快速找到满足要求的叶子节点，而这里的叶子节点上只保存了主键的值，所以还需要通过获得的主键 ID 值再回到主键索引上查出所有字段的值
- 参考深入理解MySQL索引原理和实现——为什么索引可以加速查询？